Jonas Boruta gimė 1944 m. spalio 11 d. Kaune. J. Borutos tėvas Jonas Boruta (1915–1996), Kauno VDU profesorius, inžinierius mechanikas, priklausė pokario rezistencinei organizacijai Bendrojo Demokratinio Pasipriešinimo Sąjūdžio (BDPS) prezidiumui ir 1948 m. buvo nuteistas 25 metams lagerio. Mama Zinaida Daukšaitė-Borutienė – gydytoja stomatologė.
J. Boruta baigęs Kauno 13-ąją vidurinę mokyklą, 1962 m. mėgino stoti į Kauno tarpdiecezinę kunigų seminariją, tačiau kaip politinio kalinio sūnus nebuvo priimtas. 1970 m. baigė Vilniaus universiteto fizikos-matematikos fakultetą, įgijo teorinės atomo fizikos specialybę, dirbo Mokslų akademijos Fizikos instituto moksliniu bendradarbiu. 1982 m. apsigynė kandidato disertaciją, tačiau pažymėjimas, liudijantis apie fizikos-matematikos mokslų kandidato laipsnio suteikimą, tuomet nebuvo išduotas. (1992 m. Lietuvos mokslo taryba šią disertaciją nostrifikavo, suteikdama J. Borutai gamtos mokslų daktaro laipsnį.) 1975 m. pradėjo teologijos studijas pogrindinėje kunigų seminarijoje, 1981 m. – pogrindžio noviciatą Lietuvos jėzuitų provincijoje. 1982 m. rugpjūčio 5 d. Skaistgirio (Joniškio r.) Šv. Jurgio bažnyčioje vysk. Julijonas Steponavičius jį slapta įšventino kunigu. Po to kun. J. Boruta nelegaliai padėjo kunigams įvairiose parapijose, nesėkmingai bandė gauti kunigo registracijos pažymėjimą Ukrainoje. 1982 m. slapta buvo paskirtas dirbti į Ukrainos Chmelnickio srities katalikų parapiją. Ten išbuvo vos mėnesį, nes KGB jam įsakė išvykti. 1982–1989 m. buvo Kybartų (Vilkaviškio r.), Valkininkų (Varėnos r.) ir Viduklės (Raseinių r.) klebonų pagalbininkas, šias pareigas ėjo neviešai. 1983–1989 m. dėstė pogrindinėje kunigų seminarijoje, oficialiai buvo įsidarbinęs Valkininkų bažnyčios zakristijonu.
J. Boruta į aktyvią disidentinę veiklą įsijungė jau 8-ajame dešimtmetyje, pradėjęs studijas pogrindinėje kunigų seminarijoje. Jo brolis, Kauno politechnikos instituto studentas, Šarūnas Boruta, priklausęs Eucharistijos bičiulių sąjūdžiui, atnešdavo namo jau pirmuosius Lietuvos katalikų bažnyčios kronikos numerius. Vėliau, paskatintas kun. Jono Lauriūno SJ, rašydavo į LKB Kroniką žinutes iš universiteto gyvenimo, versdavo į lietuvių kalbą žinutes, gautas iš Rusijos ir Ukrainos. Kiek vėliau susipažino ir bendravo su vienu iš LKB Kronikos iniciatorių ir jos redaktoriumi kun. Sigitu Tamkevičiumi SJ. Pastarasis, turėjęs progos gerai susipažinti su J. Borutos gabumais ir nujausdamas, kad gali būti areštuotas, 1983 m. pradžioje paprašė J. Borutos toliau globoti LKB Kroniką. Mat kiti aktyvūs kovos už Bažnyčios ir tikinčiųjų teises dalyviai-kunigai buvo KGB budriai prižiūrimi, o J. Boruta dar nebuvo suspėjęs sukelti įtarimo. Taip po kun. S. Tamkevičiaus SJ arešto 1983 m. gegužės mėnesį, nuo 59-ojo LKB Kronikosnumerio, J. Boruta tapo naujuoju jos redaktoriumi, šį leidinį redagavo iki 1988 m. Šiuo laikotarpiu buvo išleistas dvidešimt vienas LKB Kronikos numeris. Kun. J. Boruta ne tik redagavo, bet ir buvo pagrindinis informacijos rinkėjas, nes neturėdamas savo parapijos važinėdavo po visą Lietuvą į atlaidus ir ten surinkdavo informacijos šiam pogrindžio leidiniui. Kartu jis atrinkdavo rašinius kiekvienam numeriui ir parašydavo vedamąjį straipsnį. J. Boruta nuo 1983 m. taip pat dalyvavo pogrindyje savo veiklą atnaujinusio „Tikinčiųjų teisėms ginti katalikų komiteto (TTGKK)“posėdžiuose, pasirašinėjo komiteto pareiškimus valdžios institucijoms.
Nuo 1985 m. jis taip pat vadovavo pas jėzuitus besimokantiems pogrindinės kunigų seminarijos auklėtiniams, dėstytojavo ir pats. Pasirašė ne vieną pareiškimą dėl tikinčiųjų diskriminavimo, dalyvavo kunigų Alfonso Svarinsko, S. Tamkevičiaus teismuose, pamoksluose, nevengė kritikuoti sovietų valdžios religinės politikos. Dėl to jo kaip ir daugumos disidentinio sąjūdžio dalyvių veikla buvo sekama, nors didesnių represijų pavyko išvengti. Tuo laikotarpiu jis kartu su kunigais Vaclovu Aliuliu MIC ir Albinu Deltuva dar vadovavo ir slaptiems seserų vienuolių teologijos ir katechetikos kursams, vėlesniais metais dalyvavo parengiant katechetus.
1989 m. prasidėjus Atgimimui kun. J. Boruta buvo paskirtas Vilniaus arkikatedros vikaru ir Lietuvos bei Latvijos jėzuitų provinciolu. 1989 m. tapo Vilniaus arkivyskupijos katechetinės komisijos (vėliau – centro) nariu, Neakivaizdinės katechetų mokyklos prie Vytauto Didžiojo universiteto Teologijos fakulteto Vilniaus skyriaus dėstytoju bei globėju, 1996 m. – šio skyriaus direktoriumi. 1991–2002 m. buvo Vilniaus kunigų seminarijos dėstytojas, 1992–1997 m. Šv. Kazimiero bažnyčios Vilniuje rektorius. Tuo pačiu metu buvo Lietuvių katalikų mokslo akademijos vicepirmininkas bei dėstė Vilniaus universitete Bažnyčios istoriją ir teologiją.
1997 m. įšventintas į vyskupus ir paskirtas Vilniaus arkivyskupo augziliaru. 1997–2002 m. buvo Lietuvos Vyskupų Konferencijos (LVK) generalinis sekretorius. 1997–2006 m. ėjo Lietuvių katalikų mokslo akademijos (LKMA) pirmininko pareigas. 1992–2002 m. Vilniaus universiteto Istorijos fakultete dėstė Bažnyčios istoriją. Šiame fakultete jis inicijavo Bažnyčios istorijos kabineto steigimą. 2002 m. sausio 5 d. popiežius Jonas Paulius II vyskupą Joną Borutą paskyrė Telšių vyskupu. 2002–2011 m. buvo LVK Liturginės komisijos pirmininkas.
J. Boruta aktyviai bendradarbiavo spaudoje, paskelbė apie 40 straipsnių iš atomo fizikos, atominės spektroskopijos ir Bažnyčios istorijos. Kartu su kitais parengė spaudai knygą „Arkivyskupas Teofilius Matulionis laiškuose ir dokumentuose“ (išleista 2002 m., pakartotinai – 2017 m.). 1993 m. apie kun. J. Borutą SJ sukurtas dokumentinis filmas „Širdis pelenuose“ (rež. Edmundas Zubavičius).
Kun. Jonas Boruta SJ 1992 m. birželio 10 d. apdovanotas Sausio 13-osios atminimo medaliu, 1998 m. rugpjūčio 20 d. – Vyčio Kryžiaus ordino Komandoro didžiuoju kryžiumi, 2000 m. birželio 30 d. – Lietuvos nepriklausomybės medaliu. 2021 m. – Laisvės premijos laureatas.
Prisimindamas savo pogrindžio veiklą kun. Jonas Boruta SJ rašė: „Viešpatie, kokia laimė, kad leidai prie to prisidėti! Didžiausias mums atlyginimas, kad pasirinkai mus, leidai tarpininkauti, kai Tu mūsų krašte pratęsei savo auką ant kryžiaus. Norėčiau, kad ir šiandien visi dirbtume pagal seną anų laikų principą: daryti, nesidairant ką kiti daro, o daryti visa ką gali čia, dabar, šitoj vietoj, kur Dievas mane pastatė ir leido dirbti didesnei Jo garbei. Didesnei garbei To, kuris mus visus myli.“
Nuo 2017 m. rugsėjo 18 d. J. Boruta – Telšių vyskupas emeritas, juo tapęs apsigyveno Vilniaus, vėliau – Kauno jėzuitų namuose, o 2022 m. rudenį persikėlė gyventi į Marijampolės Švč. Mergelės Marijos globos namus. Mirė vysk. Jonas Boruta 2022 m. gruodžio 19 d. Marijampolėje, palaidotas Žemaičių Kalvarijos kapinėse, vienuolių kapavietėje.
